Đại học Huế hiện có một hệ thống tạp chí khoa học thuộc loại hùng mạnh trong các CSGDĐH cả nước. Bên cạnh Tạp chí Khoa học Đại học Huế với 6 chuyên san (thực chất mỗi chuyên san đã hoạt động như một tạp chí riêng, có ISSN riêng), còn có 7 tạp chí khoa học của 7 trong 8 trường đại học thành viên. Tạp chí Khoa học Đại học Huế hiện nay khởi đầu từ Đặc san Khoa học Đại học Huế được Bộ Văn hóa -Thông tin cho phép xuất bản tạm thời từ tháng 5/1999. Tuy nhiên, lần ngược lại lịch sử gần 70 năm trước, Viện Đại học Huế - tiền thân của Đại học Huế ngày nay - đã từng có một tạp chí học thuật với tên gọi "Tạp chí Đại học", xuất bản trong 6 năm, có ảnh hưởng rộng trong phạm vi cả miền Nam bấy giờ, được các nhà nghiên cứu xem là "một di sản văn hóa quý báu, một đứa con tinh thần sáng giá của Viện Đại học Huế".